盡管和動輒近百萬元的普通住宅相比，商住兩用房的總價較低，但如果貸款購房，首付比例卻不低，一般要求低首付比例在四成到五成。而一些普通商業住宅首付僅三成甚至兩成。另外，購買商住兩用房，貸款利率會比同期同檔次利率有所上浮，貸款年限也會有所限制。
商住樓在產權性質上具有商業屬性，其日后的生活成本和出售成本會比普通住宅要高。首先，商住樓的水電費用大多是按照商業水電費計算，比民用水電價格要高;此外，商住樓的物業費用和公共維修基金費用也會比普通住宅要貴。
房屋產權期限也需加以衡量，普通住宅產權年限為70年，而商住用房產權年限為40或50年。根據我國2007年出臺的物權法相關規定：住宅建設用地使用權期間屆滿的，自動續期;非住宅建設用地使用權期間屆滿后的續期，并無自動續期的規定，如果到期，如何處理也是一大難題。
此外，普通住宅通常一層有兩至六戶，商住用房一層可多達十幾二十戶，居住密度較高。
