第二套住房的公積金貸款利率為基準利率的1.1倍。比如在北京有一套房產，購買二套住宅時，公積金貸款的利率為基準利率3.25%的1.1倍，即為3.575%。
從公積金貸款政策來看，如借款人第一套住房使用公積金，在尚未還清前是不可以再次申請公積金貸款購買第二套住房的；只有在還清前一套住房貸款的前提下才能再使用公積金貸款，同時不會被認為第二套房產，仍會視為首套住房按其政策操作，首付20%，利率為基準利率。
1、一次性還款法：
從住房公積金帳戶提取公積金余額，一次性歸還貸款。很多人退休后，采用這一方法還貸。還貸后，若還有貸款未還清，就對剩余貸款本金和還款期限重新計算，確定以后每個月的月還款金額。
2、停止還貸若干月法：
從公積金帳戶中提取余額，提前歸還貸款。提前還貸后，貸款人可以停止還貸若干月。停止還貸的時間長短，根據提前歸還貸款的數額決定，不過不能超過12個月。停止還貸期結束后，貸款人須繼續按月還款。停還期的欠息，不收罰息，不計復利，在停還期結束后的每月還款中逐月扣還。有些購房者在某一階段收入情況出現變化(如生病、生育、失業等)，多采用這一方式還貸。
3、逐月還款法：
每月直接從公積金帳戶提取公積金還貸。提取的住房公積金金額不足時，貸款人要及時補足還款金額。
4、等額本息法：
每月還款額相等，每月償還本金額先少后多、償還利息額先多后少，適用于還貸前期資金緊張的借款者。
5、等額本金法：
又名利隨本清法。每月還款額中的償還本金額相等，償還利息額隨著本金的減少而減少，月還款額逐月遞減，適用于還貸前期資金不太緊張的借款者。
